Władze Spółki tworzą:
- Zarząd Spółki
- Rada Nadzorcza
- Zgromadzenie Wspólników
Zarząd składa się z dwóch do pięciu członków. Aktualnie jest dwuosobowy i składa się z Prezesa i Członka Zarządu. Zarząd kieruje bieżącą działalnością Spółki, reprezentuje ją na zewnątrz oraz podejmuje decyzje w sprawach, których Kodeks Spółek Handlowych nie zastrzega dla innych organów.
Rada Nadzorcza składa się z trzech do pięciu członków powoływanych przez Zgromadzenie Wspólników. Pracownicy zachowują prawo do wprowadzenia dwóch przedstawicieli. Rada Nadzorcza sprawuje stałą kontrolę nad działalnością Spółki we wszystkich jej gałęziach.
Uprawnienia przysługujace Zgromadzeniu Wspólników wykonuje Prezydent Miasta Krosna. Do wyłącznej kompetencji Zgromadzenia Wspólników należą sprawy zastrzeżone w Akcie założycielskim Spółki.
MPGK Krosno Sp. z o.o. jest przedsiębiorstwem wielozakładowym, prowadzącym działalność podstawową i pomocniczą.
